四月十一日,皇太极即皇帝位于盛京,改国号为大清,朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽然被强迫参加贺礼,却拒绝三跪九叩,被皇太极遣返回国,清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。在随后的几个月时间里,朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派,斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数,但李倧内心偏向主和派,所以在十月向清朝派遣译官送去国书,委婉地向清朝表达恳求和谈之意,却遭到皇太极拒绝,战争遂不可避免。
在清、鲜交涉走向破裂的过程中,李倧一面命令平安道等地修缮城堡,防备入侵;一面强化对明关系,将斥绝后金之举转咨皮岛,得到明崇祯帝的“奖敕”,并派金堉以冬至使出使明朝,请求明廷提供硝石、硫磺,并出兵帮助朝鲜抗酋。然而明廷自顾不暇,如何还能帮助朝鲜。
此时,李倧君臣才明白,所谓的骑墙之举实不可取,一边是强势崛起的大清,一边是没落腐朽的大明,天平的两端早已经倾斜。李倧更是后悔当初下谕斥和之举,准备再派使节疏通清朝,但皇太极已经不再给朝鲜时间了。
崇祯九年(1636年)十二月,皇太极统率由满军七万、蒙军三万、汉军两万组成的十二万大军亲征朝鲜。由于朝鲜同清朝实力悬殊,加上金自点等将帅的无能,清军不费吹灰之力就逼近汉城。
十二月十四日,仁祖李倧安排金庆征(领议政金瑬之子)等护送王世子嫔、两名大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难,自己在晚上出发。此时清兵先锋已经在汉城近郊活动,而李倧御驾到江华岛需要两天,担心途中被清兵俘虏,所以选择就近逃到南汉山城,同时派崔鸣吉去清营谈判。
此时李倧还对战事抱有一丝希望,不愿无条件屈服,而是命八道勤王,然而在清军围城打援战术之下,各路勤王军无不败北。十二月二十九日,领议政金瑬率军千人出击,惨败,从此朝鲜军龟缩南汉山城不出,次日汉城不战而失守。
崇祯十年(1637年)正月二十三日,清军渡海攻陷江华岛,世子嫔及两名大君等都成了俘虏,这成为压倒李倧君臣的最后稻草。最后,朝鲜接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。正月三十日,仁祖着青衣,出城投降,在三田渡向皇太极行三跪九叩之礼,然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。从此,朝鲜成为清朝的属国。
每每想到自己在三田渡对清国国君皇太极行三跪九叩之礼,李倧就痛心不已,难道是天都不佑朝鲜吗?自己不是不努力,可为什么朝鲜才刚刚走上正途的时候,就有强大的外敌入侵,这次前来的上海镇军显然比大清的实力还强。
随着战争的进行,关于横波府的很多事情也就逐渐清晰,团灭大清岳托三十牛录的传闻,抵御大明四路进攻,最后横扫浙江全境,浙江总兵刘镇藩被枭首,如今这海军一日攻克江华岛,这等强大的战力,朝鲜如何抵抗。
此时的李倧内心也开始有些退缩,可是一想到要放弃王位,他不免又有些不舍,同时还害怕下野之后,光海君集团重新掌权会对他们展开反攻倒算。